Ab dem Schuljahr 2016/17 werden für zunächst die 9. undim darauf folgenden Jahr auch für die10. Klassenstufe des neusprachlichen Zweiges  Wahlfächer angeboten. Neben der 3. Fremdsprache (Französisch oder Latein) sind dies die neuen Fächer Naturwissenschaftliches Arbeiten und LebensKunst.

Mit der Einführung dieser Wahlfächer sollen die Kernprofile des Johannes-Gymnasiumsstärker akzentuiert werden. Neben dem sprachlichen und dem naturwissenschaftlichem Bereich (MINT-Schule) soll das am Johannes-Gymnasium neu ins Leben gerufene Fach LebensKunst ein weiteres elementares Profil des Johannes-Gymnasiums als katholisches Gymnasium abdecken, nämlich den Aspekt der Erziehung der Jugendlichen zu selbst-, verantwortungsbewussten und sozial verantwortlichen Persönlichkeiten vor dem Hintergrund des christlichen Menschenbildes und unter Einbeziehung einer künstlerisch-kreativen Auseinandersetzung mit den Themen des Fachs.

Die Schüler wählen verpflichtend aus drei Angeboten:

- die dritte Fremdsprache Latein/Französisch

- das Fach "Naturwissenschaftliches Arbeiten"

- das Fach "LebensKunst"

Die Noten der dritten Fremdsprache und des Fachs Naturwissenschaftliches Arbeiten sind nach § 66 Schulordnung positiv versetzungsrelevant.

Von herausragender Bedeutung ist dabei das neue Fach "LebensKunst", dessen Idee und Umsetzung ein Eigenprodukt des Johannes-Gymnasiums ist, das es so an keiner anderen Schule gibt.