Die Mittelstufe umfasst am Johannes-Gymansium die Jahrgangsstufen 8 bis 10. Entsprechend den altersgemäßen Herausforderungen (Pubertät, Entwicklungspsychologie, Identitätsfindung) ist die pädagogische Begleitung der Jugendlichen in den Klassen durch die Fach- und Klassenlehrer/innen sehr anspruchsvoll. Der Mittelstufenleiter, Herr Rudolf Zimmer, koordiniert und unterstützt in vielfältiger Weise die Arbeit der Kollegen/-innen. Zum pädagogischen Profil der Mittelstufenarbeit gehören am Johannes-Gymnasium folgende Schwerpunkte:

- Suchtprävention

- Medienprävention

- Berufsberatung

- Informationsveranstaltungen zur Fremdsprachenwahl

- pädagogische Konferenzen

- Kooperation mit der Schulpastoral (Mobbing, Krisenintervention, Steitschlichtung)

- Klassenfahrten in der 9. Jahrgangsstufe

- Zusätzliche Förderstunden in Mathematik und Englisch (2. Halbjahr)

- Sozialpraktikum in der 10. Klassenstufe