Als katholische Schule  bemühen wir uns, den inneren Zusammenhang zwischen Wissen und Glauben, zwischen fides und ratio in den Fachunterricht zu integrieren. In der Auseinandersetzung mit den Fachinhalten möchten wir die Sinnstrukturen der Wirklichkeit den Schülerinnen und Schülern erschließen, so dass die menschliche Erkenntnis nicht in lauter Einzelwahrheiten zerfällt, denen jeder sinnstiftende Zusammenhang fehlt.

Hier genau setzt unser Verständnis von naturwissenschaftlich-mathematischer Bildung an. Aufgabe des MINT-Unterrichts ist es in diesem Zusammenhang, die Möglichkeiten und die Grenzen naturwissenschaftlicher Rationalität aufzuzeigen. Hierzu gehört insbesondere die wissenschaftstheoretische Reflektion zum Verhältnis zwischen Modell und Wirklichkeit in der Konstruktion menschlicher Erkenntnis. Daneben messen wir der gesellschaftlichen Relevanz naturwissenschaftlich bedeutsamer Themenstellungen (z.B. im Bereich von Umwelt und Energie, aber auch in den Themenfeldern der Medizin- und Biotechnologie) einen großen Stellenwert insbesondere in der interdisziplinären Arbeit an unserer Schule zu.

So führen wir z.B. in jedem Schuljahr fächerübergreifende Akademietage für unsere Oberstufenschüler durch, die sich solchen Fragestellungen (z.B. 2009: Gibt es den freien Willen? 2012: Hat die Kreatur eine Würde?) in akademischer Form widmen.

Aufgrund des theologisch begründeten personalen Ansatzes liegt uns weiterhin sehr viel an der individuellen Förderung der Schülerinnen und Schüler. Die unterschiedlichen Neigungen unserer Schüler unterstützen wir über den Regelunterricht hinaus mit einer Vielzahl von Arbeitsgemeinschaften und einem ausgeprägten Konzept individueller Förderung.

Alle Fächer haben schulinterne Fachprogramme entwickelt, die über die Bildungsstandards und Lehrpläne hinaus fachschaftsinterne Vereinbarungen zur kollegialen Kooperation und zur Qualitätsentwicklung in diesem Fach festschreiben.

Als christliche Schule legen wir sehr viel Wert auf die ökologische Erziehung. Als Anerkennung unserer Bemühungen haben wir 2012 den Titel „Modellschule im Netzwerk ökologisch orientierter Schulen“ in Rheinland-Pfalz erhalten. Ein Schwerpunkt unserer thematischen Arbeit liegt hier im Bereich der erneuerbaren Energie ( der auch im naturwissenschaftlichen Fachunterricht einen breiten Raum einnimmt. Hierzu gehört auch u.a. die Kooperation mit einem regionalen Solarunternehmen.

Als Medienkompetenzschule haben wir in den vergangenen Jahren die Medienausstattung unserer Schule kontinuierlich verbessert. Der Einsatz moderner Medien gehört am Johannes-Gymnasium zum Selbstverständnis guten Unterrichts. Hierzu gehört auch ein Konzept zur Medienerziehung.

Daher wurden wir 2012 in den Kreis der MINT-EC aufgenommen. MINT-EC ist eine Initiative der Wirtschaft zur Förderung mathematisch-naturwissenschaftlicher Gymnasien und zur Qualifizierung von MINT-Nachwuchskräften in Deutschland.

Über die speziellen Projekte in der naturwissenschaftlich-mathematischen Bildung informieren die Fachseiten der Fächer Mathematik, Physik, Chemie, Biologie und Informatik. Hierzu gehören auch die Angebote zur Berufs- und Studienwahlorientierung und die Kooperationen mit Firmen und Universitäten. So gehört das Johannes-Gymnasium seit 2015 zu den vier Gymnasien, die eine Kooperation mit der Universität Koblenz-Landau gegründet haben (Campus-Schule).